Dit museum beschikt over een rijke collectie die betrekking heeft op Utrecht en omgeving. Bij de oude kunst wordt werk getoond van de Utrechtse School. Bijzonder is het 17e-eeuwse poppenhuis. De collectie Van Baaren bestaat uit doeken van eind 19e en begin 20e eeuw. De moderne schilderkunst wordt goed vertegenwoordigd, evenals het werk van Gerrit Rietveld (maquettes en stoelen). Het Nijntje Museum, in een apart gebouw, is helemaal gewijd aan het beroemde konijntje van geestelijk vader Dick Bruna.