Dit museum is gewijd het leven en werk van de in Moravië geboren Tsjechische humanist Comenius. Hij bracht de laatste jaren van zijn leven in Amsterdam door. Het onderzoek van Comenius richtte zich vooral op de opvoedkunde. Hij was één van de eerste voorstanders van algemeen onderwijs. Zijn laatste rustplaats is het Comenius Mausoleum in oude Waalse kapel.