Dit museum is genoemd naar de arts Herman Boerhaave. Het geeft een beeld van vijf eeuwen natuurwetenschappen en geneeskunde. Onder de talloze bijzondere objecten van het museum bevindt zich ook de collectie van Christiaan Huygens (1629-1695, natuurkundige en astronoom met internationale bekendheid), astronomische en chirurgische instrumenten, en de microscoop van Van Leeuwenhoek.