APA Hotel Nagasaki Dejima ligt in Nagasaki, op minder dan 1 km van station Nagasaki, en is voorzien van kamers met airconditioning. Tot de faciliteiten van deze accommodatie behoren een restaurant, een 24-uursreceptie, een bagageopslagruimte, en tevens gratis WiFi. De accommodatie is rookvrij en is gelegen op 14 minuten lopen van Geschiedenismuseum van Nagasaki. Alle kamers bij het hotel hebben een bureau, een flatscreen-tv, een eigen badkamer, beddengoed en handdoeken. De kamers zijn voorzien van een koelkast. Populaire bezienswaardigheden in de buurt van APA Hotel Nagasaki Dejima zijn Oura Catholic Church, Glover Garden en Nagasaki Prefectural Art Museum. Het dichtstbijzijnde vliegveld is Luchthaven Nagasaki, op 38 km van de accommodatie.