APA Hotel Nagasaki Dejima ligt op 12 minuten lopen van station Nagasaki en 1,2 km van Geschiedenismuseum van Nagasaki, en is voorzien van kamers met airconditioning en een eigen badkamer in Nagasaki. Tot de faciliteiten van deze accommodatie behoren een restaurant, een 24-uursreceptie, een bagageopslagruimte, en tevens gratis WiFi. De accommodatie is rookvrij en is gelegen op 3,6 km van Atoombommuseum Nagasaki. Alle kamers bij het hotel hebben een bureau, een flatscreen-tv, een eigen badkamer, beddengoed en handdoeken. De kamers zijn voorzien van een koelkast. Er is een als buffet aangeboden ontbijt beschikbaar bij APA Hotel Nagasaki Dejima. Populaire bezienswaardigheden in de buurt van de accommodatie zijn Oura Catholic Church, Glover Garden en Nagasaki Prefectural Art Museum. Vliegveld Luchthaven Nagasaki ligt op 38 km afstand.