Machupicchu Jonatan ligt in Machu Picchu, op 4 minuten lopen van Wiñaywayna Park en 2,2 km van Manuel Chavez Ballon Museum. De accommodatie biedt roomservice en een 24-uursreceptie voor gasten.
Populaire bezienswaardigheden in de buurt van het hotel zijn Machu Picchu Hot Spring, station Machu Picchu en Bus Stop.